1535 trat sie in den Karmel in Avila ein, in dem zur damaligen Zeit etwa 200 Schwestern lebten. Diesen Schritt vollzog sie jedoch ohne Zustimmung ihres Vaters, der sie „so sehr“ liebte, dass sie „auf keine Weise seine Einwilligung erhalten konnte … Erst nach seinem Tod.“ *
Ihr schlechter Gesundheitszustand verschlimmerte sich allerdings bald derart, dass sie – auf Betreiben ihres Vaters – das Kloster bereits nach einem Jahr wieder verlassen musste, um sich verschiedenen medizinischen Heilkuren zu unterziehen. Diese Anwendungen bereiteten ihr große Qualen. Um Mariä Himmelfahrt, vmtl. im Jahre 1539, war sie dem Tode nahe. Es wurden bereits erste Vorbereitungen für ihr Begräbnis getroffen.

Wider Erwarten überlebte sie und ließ sich – obgleich körperlich ruiniert – wieder zurück in den Karmel tragen. Ihre eingetretene Lähmung sollte noch etwa drei Jahre anhalten, bis sie sich entschloss, „zu den himmlischen Ärzten … Zuflucht zu nehmen“. Sie erwählte den hl. Joseph als Fürsprecher und „empfahl [sich]… ihm recht inständig“. Durch seine Hilfe konnte sie wieder von ihrem Krankenlager aufstehen und gehen. Sehr klar erkannte sie, dass es der hl. Josef war, der sie aus ihrer „damaligen Not gerettet“ und ihr „sogar mehr noch verschafft hat, als … [sie] zu erbeten gewußt.“ Rückblickend schreibt sie: „Ich erinnere mich nicht, ihn bis jetzt um etwas gebeten zu haben, was er mir nicht gewährt hätte.“